公司银行账户可能因涉嫌犯罪行为，如用于收取犯罪所得、往来款项可以用来查明犯罪事实等；也可能因为涉及民事诉讼，对方当事人申请财产保全，故冻结工资账户。
在公司银行账户被冻结的情况下，首先自然是与相关承办人员进行沟通，如因民事诉讼被冻结的，则可以通过提供担保、与申请人协商等途径。
在无力提供担保、申请人拒绝解除冻结等情况下，公司为避免因银行账户被冻结，无法发放员工工资，引发新的纠纷，可以采取以下方式：
一、找其他公司代发工资
为保障合规，需与代发公司签署相关的协议，约定好相应的权利义务；同时，也需要将代发工资事项通知到员工，明确代发工资的工资、以及公司发放标准与之前的不变。
顺便提及一个问题，部分公司在发放工资时，以多个平台发放，其中劳动合同上约定的工资由工资账户发放，而其他约定好的奖金等待遇则通过其他公司或其他方式发放，劳动者在将来申请劳动仲裁的时候，很可能面临举证不足，因而只能按照原劳动合同约定金额主张工资的风险。
二、与劳动者协商缓发工资
尽管《中华人民共和国劳动合同法》第三十条【劳动报酬】用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。以及《工资支付暂行条例》第七条，工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。通常，企业会在每个月15号之前发放工资，如遇节假日，则相应提前。
但考虑到企业经营困难等问题，相关规定也对于企业确实无力支付工资的情况下，如满足条件，企业可以延迟发放工资。根据《对＜工资支付暂行规定＞有关问题的补充规定》四、《规定》第十八条所称“无故拖欠”系指用人单位无正当理由超过规定付薪时间未支付劳动者工资。不包括：（１）用人单位遇到非人力所能抗拒的自然灾害、战争等原因、无法按时支付工资；（２）用人单位确因生产经营困难、资金周转受到影响，在征得本单位工会同意后，可暂时延期支付劳动者工资，延期时间的最长限制可由各省、自治区、直辖市劳动行政部门根据各地情况确定。其他情况下拖欠工资均属无故拖欠。
在实践中，公司按照规定要求进行的并不多，不管是否有成立工会，以直接通知全体劳动者为主。或者有的甚至通过给员工安排休假，只发放基本工资形式予以解决。
就浙江而言，还增加了与劳动者协商一致的情形。根据《浙江省企业工资支付管理办法》第二十一条第二款，企业确因生产经营困难，经依法集体协商或者经劳动者本人同意，可以延期支付全部或者部分工资，但最长不得超过30 日。其中劳动者本人同意通常适用个别事件，集体性事件则经集体协商。
由此可见虽然可以延迟发放，但也有时间限制。如果超过30日的，劳动者仍有权通过劳动仲裁等方式申请用人单位发放工资，还应支付赔偿金。
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